Если коротко и без важных деталей: Райден все это время находился в компьютерной симуляции инцидента на Shadow Moses, в программе тренировки новых Солидов Снейков. Где-то в середине Эмма Эммерих вводит вирус в систему, из-за чего она начинает лететь ко всем хуям, что и объясняет майндфаки.
Некоторые детали не понятны с первого подхода но само развитие событий очень плавно и буквально разжёвывается что к чему привело. Автор видимо играл особо не увлекаясь и скипая катсцены
Если коротко и без важных деталей: Райден все это время находился в компьютерной симуляции инцидента на Shadow Moses, в программе тренировки новых Солидов Снейков. Где-то в середине Эмма Эммерих вводит вирус в систему, из-за чего она начинает лететь ко всем хуям, что и объясняет майндфаки.