Если коротко и без важных деталей: Райден все это время находился в компьютерной симуляции инцидента на Shadow Moses, в программе тренировки новых Солидов Снейков. Где-то в середине Эмма Эммерих вводит вирус в систему, из-за чего она начинает лететь ко всем хуям, что и объясняет майндфаки.